Центральным пунктом базирования основных сил и средств Балтфлота является город Балтийск и расположенная в нём Балтийская военно-морская база (вмб). База флота, а ранее и штаб флота разместились на месте немецкой вмб в г. Пиллау. Многие объекты инфраструктуры совершенно не пострадали при штурме в 1945 году и с успехом используются по сей день. Например, штаб вмб (в некоторых кабинетах даже сейфы от прежних хозяев уцелели), склады, причалы.
Во времена СССР в Балтийске располагались штабы и части корабельных соединений, которые подчинялись штабу флота и не входили в состав вмб (это положение вещей сохранилось и поныне). Сейчас вмб подчинена 64-я бригада кораблей охраны водного района (бркровр - противолодочные корабли 3 ранга и тральщики). Основная задача – обеспечение деятельности основных сил флота (противолодочная оборона, траление).
Такую же задачу решала и 26-я бригада противолодочных кораблей (брпк), которая ныне расформирована.
Также вмб подчинена 54-я бригада спасательных судов (брсс).
Основной функцией вмб является обеспечение жизнедеятельности главных сил и средств флота. Эти силы и средства в основном представлены 12-й дивизией надводных кораблей (днк). В свою очередь, 12-я дивизия включает в себя 128-ю бригаду надводных кораблей (брнк) и 36-ю бригаду ракетных катеров (брка) (по другим данным 106-й дивизион малых ракетных кораблей - ещё его называли дивизионом плохой погоды, т.к. корабли носили имена «Шторм», «Пассат», «Бурун» и т.д.).
Основной задачей этих "сил и средств" является нанесение по противнику ракетных ударов, обеспечение высадки десанта морской пехоты. Все корабли способны нести ядерное оружие.
Десантирование морских пехотинцев из 336-й бригады морской пехоты (гв. обрмп, пос. Мечниково), в т.ч. и на необорудованное побережье, призвана обеспечить 71-я бригада десантных кораблей (в шутку большие десантные корабли, состоящие на вооружении бригады, прозвали «крокодилами»), а также бригада кораблей на воздушной подушке (брквп) - ее именовали «лётно-подпрыгивающим составом».
В советское время основной задачей морских пехотинцев были захват Проливной зоны (военно-морских баз и объектов Дании, Швеции и Норвегии) и обеспечение дальнейшего развёртывания сил и средств Балтфлота в Северном море.
Из частей флотского подчинения в Балтийске находятся:
- подразделения (корабли и центр) разведуправления БФ ( в просторечьи «мохнатые уши» - спросите любого таксиста и вас сразу довезут);
- ПВО (на Балтийской косе);
- Балтийского военно-морского института (дивизион учебных катеров);
- база технического имущества флота.
Балтийской вмб подчинены части тылового обеспечения:
- собственно, тыл вмб, военторг, военные строители, т.н. УНРы, 35-я комендатура охраны и обеспечения (коо), военно-морской госпиталь.
Техническое управление Балтфлота руководит, размещённым в Балтийске 33-м судоремонтным заводом (срз), который обеспечивает город теплом и горячей водой. В интересах флота работает завод по ремонту ракетно-артиллерийского вооружения (зрарв). Имеется школа техников (шт) для подготовки специалистов среднего звена.
В результате утраты Лиепайской вмб и г. Палдиски Балтфлот лишился и мест базирования подводных лодок - в Лиепае дислоцировалась эскадра подводных лодок, решавшая все вопросы, которые присущи этому классу боевых кораблей. А именно: поиск, уничтожение кораблей и судов противника, минирование подходов к вмб противника и фарватеров в море, ведение скрытой разведки и высадка диверсантов - достаточно перед началом военных действий скрытно заминировать ядерным зарядом малой мощности (т.н. «ранцевого типа», который весит около 80 кг и имеет мощность 1-1,5 килотонны) вход в базу или фарватер и всё, амба, война закончена.