1. Будет нарушено взаимодействие с высшим военным командованием страны (Генштабом и Минобороны).
2. В Санкт-Петербурге отсутствует инфраструктура, необходимая для функционирования ВМФ.
3. Из-за специфики почвы невозможно создать системы защиты от возможного удара по штабу ВМФ (попросту говоря, невозможно соорудить подземный штаб управления).
4. Будет разрушено уникальное военное училище (а то и вся система подготовки офицеров), которое сейчас базируется в здании Адмиралтейства.
5. Среди ядерных государств нет ни одного, штаб ВМФ которого находился бы не в столице государства.
Пять аргументов политиков за переезд ВМФ:
1. Это повысит авторитет Санкт-Петербурга как "морской столицы России"; сохранит историческую преемственность флота (до революции здесь размещалось Морское министерство и Главный морской штаб).
2. Все военно-морские училища расположены как раз в Санкт-Петербурге. Здесь центр военно-морской науки и крупнейшие оборонные предприятия, ориентированные на флот.
3. Город получит новые заказы от Министерства обороны, которые позволят ему развиваться.
4. Жилье для военных в Санкт-Петербурге дешевле, чем в Москве, в 1,5—2 раза.
5. Москва перегружена административными и управленческими функциями. Это позволит ее разгрузить. О невозможности переезда также говорили и в случае с Конституционным судом, но этот орган в итоге сменил-таки "прописку".