30 января 1945 года С-13 атакует и отправляет на дно лайнер «Вильгельм Густлов», на котором находилось свыше 6600 гитлеровцев. Немецким ВМС был нанесён серьёзный урон, так как, по свидетельству журнала «Марине» (1975, № 2-5, 7-11, ФРГ), с кораблём погибли 1300 подводников, среди которых находились полностью сформированные экипажи подводных лодок и их командиры. По мнению командира дивизиона капитана 1 ранга Орла, погибших немецких подводников хватило бы для укомплектования 70 ПЛ среднего тоннажа. Впоследствии советская печать потопление «Вильгельма Густлова» назвала «атакой века», а Маринеско - «подводником № 1». Всего погибло 5300 человек.
Вопреки утверждениям ряда военных и историков, трёхдневный траур по потопленному теплоходу в Германии не объявлялся (за всю войну он объявлялся только по уничтоженной в Сталинграде 6-й армии Вермахта) и Гитлер не объявлял Маринеско своим личным врагом (на тот момент Германия несла тяжелейшие потери на фронтах, и Гитлер сообщение о гибели «Вильгельма Густлова» воспринял довольно равнодушно).
Хотя «Вильгельм Густлов» и был крупнейшим по тоннажу теплоходом, потопленным советскими подводниками, самым большим по числу жертв считается потопленный в апреле 1945 года теплоход «Гойя», на котором погибло более 7000 человек. Теплоход был потоплен подлодкой Л-3 под командованием капитана 3 ранга Коновалова
