>Как влияют природные факторы морского ТВД (глубина, течения и пр) на планирование операции?
Влияют по-всякому. В зависимости от поставленной задачи. В решении командира целый раздел посвящен этому.
>Вообще-какие здесь основные учитываемые факторы?
Глубина. Гидрология. Условия освещенности. Течения. Много всего. Практически, все что может хоть как-то повлиять на эффективность.
>И теоретически- основные ВД должны проходить в районах интесивного судоходства или без разницы?
Если действия по нарушению судоходства противника, то да по определению.