Сергей Шматко родился 26 сентября 1966 года в Ставрополе. В 1983-1990 годы учился на математико-механическом факультете, затем факультете политэкономии Уральского госуниверситета (Свердловск). В 2004 году окончил Высшие академические курсы Военной академии Генштаба ВС РФ. С 1992 года Шматко работал аудитором в BDO Binder (Франкфурт-на-Майне). В 1994 году стал директором RFI GmbH – Общества по консультированию по инвестициям в Россию, официального представителя РФФИ в Евросоюзе. С июня 1995 года по декабрь 1997 года – научный сотрудник Института проблем инвестирования, возглавлял управление внешних связей Всероссийского банка развития регионов. В 1997-1999 годы руководил аналитическим центром экономической стратегии Росэнергоатома. В 1999-2001 годы — советник гендиректора ВНИИАЭС по экономической стратегии. С 2002 по 2005 год — председатель Государственного фонда конверсии. С февраля по июнь 2005 год — советник председателя правления Газпромбанка, вице-президент ЗАО «Атомстройэкспорт». С июня 2005 года назначен президентом ЗАО «Атомстройэкспорт».
